How come?は、Why?のカジュアルな表現です。
これも変化を表すcomeから来ています。
Howは方法を聞くので、どのようにしてそれに変化したのか？という意味合いです。
How comeの後に、文章（SVの語順）をつなげることもできます。
How come you were late again?
なぜまた遅かったの？
これをWhyで言うと、
Why were you late again?
How come?は、Why?のカジュアルな表現です。
これも変化を表すcomeから来ています。
Howは方法を聞くので、どのようにしてそれに変化したのか？という意味合いです。
How comeの後に、文章（SVの語順）をつなげることもできます。
How come you were late again?
なぜまた遅かったの？
これをWhyで言うと、
Why were you late again?